Madara Uchiwa vient d'être repoussé par le Yondaime Hokage, Minato Namikaze, puis à l'aide de sa femme, ils scellent le Kyuubi dans le nouveau né. S'enlaçant une dernière fois, le corps de l'Hokage est emporté par le Shinigami, tandis que Kushina perd conscience et sombre peu à peu vers la mort.
Deux personnes courent le plus vite possible en direction du lieu où Kyuubi a disparu. En arrivant sur place, ils sont bloqués face au portrait dressé devant eux. Kushina, allongée à même le sol baignant dans une mare de sang et Naruto, pleurant, un sceau sur le ventre et allongé sur une grosse pierre.
Après avoir vérifier qu'ils sont seuls, Konan et Nagato se ruent vers Kushina. Après un léger diagnostique, Nagato fait un Kagebunshin, lui confie le corps de sa mère et lui ordonne de partir le plus loin possible pour mettre le corps à l'abris.
'' Ce qui appartient à Uzu, doit être rendu à Uzu. '' dit le roux au bord des larmes.
Après un instant, les deux personnes se dirigent vers l'enfant quand soudainement, une troupe d'Ambu se dresse devant eux.
'' Merde.. Des Ambus Racines. On a pas le temps pour ces conneries. Konan, occupes toi d'eux, je récupère Naruto et nous partons. '' Ordonne le dénommé Nagato.
D'un déplacement rapide, le roux prend l'enfant mais n'a pas le temps de faire le moindre geste, qu'il est mit face contre terre et l'enfant lui est retiré tout aussi vite.
'' Danzo.. Tu ne nous ficheras donc jamais la paix ?! '' S'exclame Nagato.
'' Je crains bien que non. Du moins, pas tant que toi et ton amie ne nous laisserez pas Le Démon. '' Répond Danzo en se relevant puis en effectuant des signes
Fûton – La Déferlante du vide
Sitôt dit, trois lames de vent sortent des bras de Danzo pour s'écraser sur Nagato.
'' Bien, maintenant que ce problème est réglé, partons. Nous devons sécuriser l'enfant le plus vite possible. ''
De son côté, Konan en a fini avec ses adversaires, elle attend que Danzo et ses troupes partent et se dirige vers Nagato.
'' Nagato ?! Répond-moi ! ''
'' Ca va.. J'ai juste eu le temps d'activer mon rinnegan et de bloquer une partie de son jutsu. Mais je ne vais pas pouvoir bouger avant un moment. Partons, nous nous soignerons et nous entraînerons pour venir chercher Naruto. ''
Konan aide Nagato à se relever puis, ils partent blessés et l'esprit occupé par l'avenir de Naruto sans eux.
Le lendemain matin – Konoha no Kuni
Tous les ambus et juunins avec le Sandaime Hokage, Hiruzen Sarutobi sont sur le pied de guerre devant un bâtiment.
'' Danzo, sors de là et donne nous Naruto ! Il ne deviendra pas une arme sous ton commandement ! ''
'' Allons Hiruzen, peut être es-tu sénile avant l'heure ou simplement stupide ? Je n'ai pas ce Démon. Il a disparu hier. ''
'' Un de mes hommes t'as vu hier, t'enfuir avec l'enfant, je suis donc sûr que tu l'as. Mais puisque tu ne semble pas disposé à nous le confier de plein gré, je me vois obligé de détruire ton repaire. Je profite de l'occasion pour officiellement dissoudre La Racine et te mettre aux arrêts, Danzo Shimura ainsi qu'Homura et Koharu pour haute trahison envers Konoha.
Cette histoire est vite bouclée. Les Ambus racines n'étant pas assez nombreux pour opposer une quelconque résistance face à tous les juunins et ambu du village. Danzo et les deux autres conseillés sont appréhendés puis exécutés le lendemain sur le place publique.
Cinq ans plus tard – Konoha no Kuni
Nagato et Konan, postés sur un arbre à l'entrée du village de la feuille regardent ce village qu'ils chérissaient tant autrefois.
'' Enfin nous allons le revoir. Après cinq années.. Si Danzo en a fait une arme, je jure de le tuer de mes propres mains . ''
'' Encore faut-il le trouver.. Konoha a tellement changé.. Le passage du renard a laissé des marques. Des postes de sécurités, quatres gardes à la porte du village, des ambus qui surveillent ..
Konan n'a pas le temps de finir sa phrase qu'elle est coupée par un vacarme
En effet, un jeune garçon et une petite fille tous deux blonds courent dans la rue principale. Malheureusement pour eux, ils ne courent pas pour le plaisir mais pour leur survie. Un groupe de villageois sont à leur trousse armés d'outils en tout genre
'' Arrête-toi Démon, nous ne te permettons pas de rester en vie plus longtemps et lâche cette fille, tu vas la corrompre ! '' Cri un homme armé d'un hache.
'' Ouais, à mort le Démon, tu vas mourir ! Mes parents seront enfin vengés ! '' Dit un autre homme.
'' Naruto, pourquoi ces gens veulent te tuer ? Explique moi '' Dit la fille déjà en larme.
'' Je ne sais pas Ino. Mais cours ! Ils vont nous rattraper ! '' Lui répond Naruto
Ne pouvant tenir plus longtemps devant cette scène, Nagato et Konan se découvrent pour aller porter secours aux deux enfants, mais avant d'avoir pu franchir la muraille du village, ils sont interceptés par les Ambus.
'' Qui êtes-vous et quel est le motif de votre intrusion dans le village ? '' Demande un Ambu d'une voix posée.
'' Allez vous faire foutre ! Deux enfants sont en train de se faire battre par vos enfoirés de villageois et vous ne bougez pas le petit doigts ! '' Hurle Nagaton en direction de l'Ambu.
'' Très bien, je suppose que vous ne voulez pas répondre à nos questions, nous sommes donc dans l'obligation de vous tuer '' Reprit le même soldat masqué.
Après une demie-heure de lutte, Nagato et Konan comprennent qu'ils n'en viendront pas à bout et qu'ils risquent d'attirer d'autres shinobis. Et décident donc de partir tout en laissant un clone transformé dans le village. Histoire de pouvoir au moins surveiller Naruto.
Plus tard, Nagato, toujours aussi triste et en colère de ne pas pouvoir sauver son petit frère, décide de porter le nom de Pein en hommage à la souffrance que Naruto éprouve, sans qu'il puisse l'en tirer. Il fonde également l'Akatsuki, dont le but est de réunir tous les Jinchuuriki et de reformer Uzu no Kuni, la terre de ses ancêtres.
Retour au présent – Ame no Kuni
'' Voilà la raison pour laquelle nous ne pouvions pas venir te chercher. Nous sommes forts, mais Konoha l'est aussi. Après tant d'années, nous t'avons enfin auprès de nous, petit frère. Nous sommes infiniment...
'' Nagato nee-san..Konan utoko..'' Articule désespérément Naruto, à genoux et laissant librement couler pour la première fois, des larmes de bonheur.
'' Naruto, sache une chose, nous sommes ta famille et il y'a encore une personne que tu n'as pas encore rencontré. Cette personne viendra demain.''
'' Je n'arrive pas à y croire.. Après toutes ces années à croire que j'étais orphelin et détesté de tous, j'ai maintenant un famille..C'est merveilleux.. '' Chuchote le blond
'' Nagato nee-san, tu m'a raconté que tu m'avais vu en présence d'une fille blonde nommée Ino. Ainsi, cette scène doit s'être passée la même nuit que le massacre que j'ai commis. Je dois avouer que ces mois enfermés dans cette cage m'ont fait perdre la majorité de mes souvenirs.. Mais je me souviens d'Ino.. Il faut aller la chercher Grand Frère ! ''
'' Alors reste avec Konan. Je pars pour Konoha, chercher cette Ino. ''